尊龙凯时實行的是理事會領導下的主任負責制 。全國政協教科衛體委員會副主任 、科技部原副部長曹健林擔任首任理事長和主任 。
理事會下設有學術委員會 、知識產權委員會 ，作為理事會的諮詢機構 。
主任辦公會管理實驗室各部門的日常運營 ，實驗室的業務板塊主要包括總體規劃 、科學研究 、工程技術 、綜合管理以及企業等 。
學術委員會成員由相關技術領域國內外科學家和知名專家組成 ，對實驗室學科佈局 、主要研究方向提出建議 ，對重大學術前沿和關鍵技術識別提供判斷諮詢 ，對重大學術活動提供諮詢和指導 。
知識產權委員會成員由技術 、法律和知識產權專家組成 ，對實驗室知識產權創造 、運營和保護提出意見和建議 。